През XVI век се строят южното крило и главната църква. Украсени със стенописи са църквата и трапезарията. В началото на XVII век е изписана южната фасада на главния храм, а през 1662 година е украсена със стенописи и новопостроената манастирска костница „Свети Йоан Кръстител“.
След пожар през втората половина на XVII век манастирът е почти разрушен, а архивът изгаря.
С помощта на богати българи от цялата страна манастирът е възстановен в началото на XVIII век. Реконструкцията започва през 1715 година, а църквата е изцяло завършена през 1732 година.
Поради финансови затруднения, Роженският манастир губи своята самостоятелност и се превръща в метох на светогорския Иверски манастир през XVIII век.
През 1921 година след спор за собственост между България и Гърция, Роженския манастир е отсъден в полза на България от Арбитражния съд в Хага.
Изкуството
Интересни са стъклописите от венецианско стъкло, които са били типични за къщите на заможните хора в региона.
В Роженския манастир се намира чудотворна икона „Света Богородица Вратарница“.
Тя е копие на оригиналната икона-майка в Ивирон, а игуменът на манастира там е заръчал на зограф Яков да направи такава икона, която да бъде дар на нашата света обител.
Отличава се с миниатюри на сцени с изображения на чудеса и е една от малкото икони направени от светено желязо.
Годината написана на иконата е 1790 г.